凝胶渗透色谱是以有机溶剂（氯仿，THF,DMF)等为流动相，与之相匹配的填料是疏水性的，其分离对象一般是油溶性的高分子物质，填料的粒度及粒度分布、孔径或孔径分布以及孔容是基本参数。根据凝胶的材料来源可以把它们分为有机和无机凝胶两大类。
交联聚苯乙烯是一种应用很广的有机凝胶，它是苯乙烯和二乙烯苯的共聚物，一般以悬浮聚合或分散聚合方式制成苯乙烯-乙烯基苯多孔微球，以致孔剂制出所需孔径和孔容。这类凝胶的特点是孔径分布比较宽，分子量分离范围比较大，且柱效高。主要用于非极性有机溶剂，丙酮、乙醇一类极性溶剂不能应用。在有机溶剂中，有机凝胶通常都处于溶胀状态对不同的溶剂溶胀因子各不相同，因此不能在柱中直接更换溶剂，进样时也不能带进大量不良溶剂和空气。
在无机基质材料中最重要最基本的是硅胶，多孔硅胶的特点是化学惰性、热稳定性和机械强度好，使用寿命长，可在柱中直接更换溶剂。以硅胶为基质的无机凝胶的最大问题是其表面残余硅羟基所导致的“二级效应”，它会使GPC谱图复杂化。为解决这一问题，通常通过与小分子硅烷化试剂的作用，尽可能地将表面残余的硅羟基加以覆盖。由于多孔硅胶的机械强度很高，因此在交联聚苯乙烯凝胶之后，细粒度的多孔硅胶已经发展成为一种很好的高速、高效凝胶色谱填料。
多孔玻璃是一类和多孔硅胶很相似的无机凝胶，它是碱性硼硅酸盐玻璃经高温分相，再用酸洗去碱性可溶相的产物。它的优点是可以做到孔径分布很窄，对某一分子量范围的分离特别有效，选择性强；孔性结构好有利于试样分子的传质过程。缺点是质脆易碎，柱子装填不紧，柱效低。
